1963 yılında Kırıkkale’de doğdu. İlk ve orta öğrenimini Kayseri’ de tamamladı. Ankara Üniversitesi Siyasal Bilgiler Fakültesinden 1986 yılında mezun oldu. 1987’de Kaymakam Adayı olarak mülki idare amirliği mesleğine adım attı. 1988’de bir yıl süreyle İngiltere’nin Bournemouth kentinde İngilizce eğitimi ve İngiliz İdari Sistemi üzerine inceleme programına devam etti. 1990-1992 yılları arasında İngiltere Exeter Üniversitesinde Kamu Yönetimi alanında yüksek lisans yaptı.

Sırasıyla Çankırı-Orta ve Muş-Bulanık Kaymakamlıkları ile Muş Vali Yardımcılığı görevlerinde bulundu. 1996 ve 2003 yılları arasında İçişleri Bakanlığı’nda şube müdürlüğü ve daire başkanlığı yaptı. Dış İlişkiler ve Avrupa Birliği Koordinasyon Dairesi Başkanı iken, 2003 yılında Ulaştırma Bakanlığı Müsteşar Yardımcılığı görevine atandı. Bu görevi sırasında ulaştırma, telekomünikasyon, bilişim ve uydu alanlarında gerçekleştirilen projelerde görev aldı. Avrupa Birliği ile yürütülen tarama sürecinde "Ulaştırma Politikası" ve "Trans-Avrupa Şebekeleri" fasıllarının koordinatörlüğünü yaptı. Ayrıca Türk Telekom ve Türksat şirketlerinde yönetim kurulu üyeliği yaptı. 2006-2009 yılları arasında Başbakanlık Güvenlik İşleri Genel Müdürlüğü görevinde bulundu. 2009-2012 yılları arasında Hakkari Valiliği yapan Muammer TÜRKER, 27 Nisan 2012 tarihinden bu yana Milli Güvenlik Kurulu Genel Sekreterliği görevini yürütmektedir.

İngilizce bilen Muammer TÜRKER, evli ve 3 çocuk babasıdır.